衛生局的病人除了在仁伯爵綜合醫院及衛生中心取藥外，亦可持處方藥單在院外的協議藥房取藥。就坊間出現病人要走訪多間藥房才可取齊藥物及自費病人的藥物價格太貴的情況，衛生局採取新的措施。
衛生局於2017年10月16日推出新的《處方配藥服務資訊系統》給協議藥房使用，實時監控衛生局處方藥物的供應和各藥房的庫存量，以避免病人需前往多間藥房始能配足所需藥物的情況。
現時衛生局的處方藥物中，約有411種藥物可由院外協議藥房調配。衛生局通過公開招標的方式大批採購，令藥物的單價大幅低於市場價格，亦讓自費病人可以合理的價格購買衛生局的處方藥物。
鑑於部份藥房向自費病人收取過高的藥物價格，造成自費病人買藥貴的情況，因此，衛生局現進一步規範院外藥房必須一律按藥物的供應價格(成本價)收取藥物費用，但基於藥房營運成本的考量，藥房可向病人收取不超過衛生局規定上限的藥事服務費。
此外，就近日有藥房聲稱只供應藥物予衛生局處方病人，不供應予私家醫生處方病人。衛生局認為，有關做法不恰當，衛生局有責任確保衛生局病人的處方藥物有足夠供應，而對於有藥房將未能提供私家醫生處方藥物的責任歸咎於衞生局，衛生局對此保留追究的權利。