作為本澳首個軌道交通建設項目，輕軌系統項目對本澳技術人員及政府而言皆是一項新事物，無論在技術、預算、管理、監控，以致法律等方面在澳門皆無先例可循。政府在推進項目的過程中，尤其在落實和展開工程的初期，一直面對不少的困難和挑戰；氹仔線的施工更出現遲緩以及車廠停工等問題。
本屆政府上任後，經綜合各現實情況作出考量後，對項目的目標及發展方向作出調整，訂立2019年氹仔線通車的目標，並按實際情況訂出短中長期的線路發展規劃。政府積極採取措施，實事求是，理順氹仔線的各種問題，並解決車廠的糾紛，令氹仔線建設逐步回到正軌，全力朝2019年通車的目標邁進。與此同時，政府亦積極檢視並不斷完善新開展工程的合同及承攬規則條文，加強對工程項目的監管，確保新開展的工程合同能按時按質完成。而事實上，近年輕軌項目新開展工程的施工進度及開支情況，亦基本符合相關合同的要求。
在財務管理方面，綜觀國際及鄰近地區的經驗，軌道交通項目多以單一線路作為財務評估及管理的基礎；澳門輕軌項目已訂出短中長期的線網發展規劃，在目前的規劃中，大部份線路仍然處於研究和探討階段，尚未有確實之走線建設方案及落實建設的時間表，故政府不具備條件開展落實建設的財務預算。基此，不宜將不同基礎的財務預測累加作為整個項目的造價開支，而以單一線路為基礎開展造價估算更能配合預算的監控及財務管理工作。政府於2016年公佈氹仔線造價估算為110億澳門元及於2019年完成的資訊，至今仍在控制之內，將於短期內公佈氹仔線連接媽閣以及石排灣線的造價估算及預計工程期。
運輸基建辦公室感謝審計署對“輕軌系統項目”所展開的跟蹤審計工作，作為負責建設輕軌系統的技術部門，運建辦會持續審視自身工作並作出優化，力求做好各項建設工作，及早為居民提供便捷、安全和可靠的集體運輸服務。