就有意見反映，心理輔導員未被納入《醫療人員專業資格及執業註冊法律制度》法案規管範圍，擔心影響有關人員未來執業前景，衛生局表示，心理治療在臨床工作方面包括有臨床診斷、治療手段、康復計劃及癒後的跟進，《醫療人員專業資格及執業註冊法律制度》僅發出心理治療師一類型的執照，是徵詢了心理範疇業界代表的意見，共同討論所得的共識。衛生局強調，該法案是結合澳門實際情況，考慮個別醫療專業的醫療風險及執業人數，在現行法令醫療專業註冊類別的基礎上，訂出法案適用的15類專業，而心理治療師是已在衛生局註冊類別之一，對於未將心理輔導員納入規管，並非否定心理輔導員的存在，而是其工作內容不涉及提供臨床治療，故未有納入規管的迫切性。
參考一些國家及地區對心理專業人員的分類為例，包括了“臨床心理師”和“諮詢心理師”，“臨床心理師”側重於心理評估、並對有各類心理疾病診斷的尋求專業服務者提供心理治療服務，而“諮詢心理師”側重於對有一般心理問題（包括發展性問題）的尋求專業服務者提供心理諮詢服務。而本澳的心理輔導員與諮詢心理師類同，本質在於“輔導”而非“治療”；心理治療師則與臨床心理師類同，主要進行評估、診斷及治療。而《醫療人員專業資格及執業註冊法律制度》的本質在於規管醫療人員及其執業範圍，因此在發出執照，就必須涉及臨床治療介入的考慮，並制定明確的執業範圍以避免一些非心理治療師從事心理治療的工作。
衛生局強調，現時本澳有不少的心理輔導員執業，即使《醫療人員專業資格及執業註冊法律制度》生效後，有關人員仍可繼續執業，僅需留意其提供服務的範圍以免出現職務逾越，尤其是涉及評估、診斷及治療等醫療行為。衛生局指出，對於個別未被列入新法案的醫療專業，將透過非註冊的方式進行規管。