衛生局表示，風災後各種傳染病的風險仍未完全消除，正密切留意各種傳染病的情況，並繼續在各區進行滅蟲、滅蚊和消毒工作，呼籲巿民注意遵守各項個人衛生、環境衛生指引及民政總署發出的食物衛生指引；同時，針對開學後學校發生傳染病的風險，亦已透過教育暨青年局發出指引，要求各學校採取相應措施減少學校發生傳染病的風險。
截至9月5日，本地的胃腸炎病例仍處較高水平，但已較日前稍緩和。監測資料顯示，仁伯爵綜合醫院和鏡湖醫院在風災前每日求診的急性胃腸炎總數一般為40至105人，風災後有所上升，曾一度升至8月30日的253人，9月4日的病例總數(經鏡湖醫院更正)為160人，9月5日為146人。上述病人以散發性病例為主，絕大部分病人未發現和特定餐廳或食物有關。病人症狀輕微，以腹痛、腹瀉為主。年齡方面，以青壯年為主，兒童和老人沒有增加；性別方面，8月30日後病人男女相若。風災後截至9月5日共收到7宗懷疑集體胃腸炎事件的通報，每宗事件的人數由2至5人，較平日稍增。
衛生局將繼續密切留意有關情況，並呼籲嚴格遵守民政總署食安中心發出的食品衛生建議，尤其是:
1. 如廁後，準備食物和進食前要洗手；準備食物的場所及設備要清洗和消毒乾淨；避免蟲、鼠等進入廚房和接近食物；
2. 生熟食物分開處理，並且要使用專用的設備和用具；使用器皿儲存食物以避免生熟食物互相接觸；
3. 食物要徹底煮熟，熟食再次加熱要徹底；
4. 在安全的溫度下保存食物, 煮熟的食物不可在室溫保存超過2小時；
5. 使用安全的水及食物原料。若高層大廈過渡水池曾被水浸，應對整個大廈供水系統徹底清洗及更換住戶內過濾裝置的濾芯。
此外，由於颱風導致可積水的垃圾雜物增加及各種遮雨上蓋破損，登革熱等蚊媒傳染病風險增加，衛生局呼籲居民，注意環境衛生，清除工作地點和家居周圍環境的積水，杜絕蚊蟲孳生，並在家中使用紗窗、蚊帳或開冷氣等措施，減少被蚊叮咬機會；如到戶外多蚊地點活動或前往登革熱流行區旅行時，宜穿淺色長袖衫褲，皮膚暴露部位使用驅蚊劑，防止被蚊叮咬；如有發熱、出疹等疑似登革熱症狀，應及時就醫，並告之醫生有關的旅遊史或居住地點。
有關預防傳染病的詳情可查閱衛生局網頁(http://www.ssm.gov.mo/csr/) 或致電24小時熱線電話28700800。