就內地武漢市出現不明原因肺炎群集病例的情況，衛生局已接獲國家衛生健康委員會的通報，2019年12月以來，湖北省武漢市開展呼吸道疾病及相關疾病監測，發現不明原因的病毒性肺炎病例，病例臨床表現主要為發熱，少數病人呼吸困難，胸片呈雙肺浸潤性病灶。截至2020年1月3日8時，共發現符合不明原因的病毒性肺炎診斷患者44例，其中重症11例，其餘患者生命體征總體穩定。目前所有病例均在武漢市醫療機構接受隔離治療，已經追蹤到121名密切接觸者並行醫學觀察，密切接觸者的追蹤工作仍在進行中。流行病學調查顯示，部分病例為武漢市華南海鮮城經營戶。截至目前，初步調查表明，未發現明顯的人傳人證據，未發現醫務人員感染。病原鑒定（包括核酸檢測和病毒分離培養）和病因溯源工作正在進行中，已排除流感、禽流感、腺病毒感染等常見呼吸道疾病。
就上述情況衛生局表示十分關注，武漢相關不明原因病毒性肺炎多達44例，而其中11例（25%）病情嚴重，仍是不尋常的情況，且目前病因仍未明確。衛生局會與國家衛生健康委員會保持密切聯繫，做好各項應對突發傳染病的準備，持續對醫務人員提供感染控制和發現各種傳染的培訓，並有充分的藥物、其他消耗性物質、設施設備等的儲備。衛生局已加派人手加強在各口岸尤其機場的衛生檢疫措施，並從1日起已在澳門國際機場對來自武漢航班的乘客進行體溫篩查，為加強監測旅客健康狀況；於2日起並要求來自武漢航班的乘客填寫健康申報表，相關措施採取至今未在有關乘客中發現發熱病；而其他航班和其他口岸亦暫時未發現有曾在武漢逗留而發熱的病人。有關措施仍會持續。
自昨（2）日至今（3）日下午5時，澳門僅在科大醫院接獲1名71歲女性武漢遊客出現不適的報告，患者於去年12月24日由武漢來珠海，30日到澳門；於1月2日出現發熱及咳嗽症狀，經檢查後證實為急性支氣管炎，病情一般，無肺炎表現。
另外，就有消息稱金沙城中心有1名旅客發熱多天不願前往醫院就診一事，衛生局表示，根據金沙城中心醫療室的報告，有1名來自武漢的旅客於1月1日晚因發熱到醫務室就診，當時並無肺炎徵狀，中心醫生於1月2日再次跟進患者情況時已退熱，並在隨後離開澳門。金沙城中心報告近日亦沒有如傳言中稱有員工患肺炎的情況。
而就有社交媒體傳言稱：〝衛生局發出的通知：這次的流感很嚴重… …〞，衛生局澄清，有關消息並非衛生局發出，雖目前本澳已進入流感季節，但疫情尚算平穩，建議未接種的人士儘快接種，注意各項個人和環境衛生措施來預防流感；並呼籲巿民不要轉發或相信未經證實的消息。衛生局的消息會通過政府新聞局、衛生局網頁或官方微信等渠道發放。
衛生局亦再次提醒前線醫務人員保持警惕，若發現可疑病例應及時通報，採取相應的感染控制措施，包括：如在口岸或醫療機構內發現發病前14日內曾在武漢逗留的發熱、呼吸道症狀病人，會作進一步詳細檢查；並呼籲居民毋須恐慌，但要注意個人衛生和環境衛生，到武漢或其他地方旅行時，避免接觸禽鳥和其他動物；往人多擁擠的地方前可考慮配戴口罩；避免到當地醫院或接觸當地患病的人士；外遊回澳後，如有不適，應及早就醫，並向醫生詳述旅行史。如有疑問，請致電衛生局傳染病熱線，電話28700800。