自1月27日起關閘口岸將通關時間調整至晚上10時結束，為應對可能轉移到珠澳跨境工業區出入境事務站的人潮，治安警察局關閉一條出境車道，利用車道的空間增設六條人工櫃枱臨時通道，結合原來大堂內的三條人工通道及六條自助通道大大增加通關能力，每小時最高可處理出境流量約3000人次，另外在口岸外圍预先設置圍欄及派員維持輪候秩序。
於27日，由於珠海口岸開始向入境旅客收取健康申報表，影響珠海口岸的通關速度，導致人潮倒灌至跨工區口岸，口岸外圍出現大量人潮排隊等候辦理過關驗證手續（因為倒灌的原因，導致當天每小時實際通關量只大約1100人，完全沒能發揮增加的六條臨時櫃枱的作用），本局當晚立即按原先的預案做人潮管制措施，並列印大量的珠海方健康申報表的二維碼，供現場擬過關人士掃描以加快填寫效率。
經綜合總結分析有關經驗，本局隨即於28日作出優化措施，包括在口岸外圍設置擋雨篷改善輪候環境；除在輪候路線加貼珠海方健康申報表二維碼外, 更增派人員向現場人士派發珠海方紙張申報表，讓旅客提前填寫以加快珠海海關的驗放速度，加快通關效率。
另外，經濟財政司李偉農司長也立即召集各大博企進行會議，研究調整各大博企員工上下班時間及安排車輛載員工到蓮花口岸離境。經採取上述措施後，跨境工業區出入境事務站通關秩序大致正常，輪候時間有所縮短，蓮花口岸也起到一定分流作用。
警方將密切留意相關情況，持續改善通關效率，保證通關安全。最後，呼籲通關人士，通關前可提前使用電子健康申報表或提早填寫紙張健康申報表，盡可能選擇使用蓮花口岸通關，同时避開人潮高峰。