審計署公佈《澳門國際機場專營股份有限公司的運作》衡工量值式審計報告，就澳門機場的管理運作進行審查，探討澳門機場的現行管理模式，是否能夠妥善管理所經營的業務，並具有有效監督機制，確保特區政府投入的公共資源得到合理運用。審計涉及2008年1月至2019年4月的文件資料，範圍包括近年於澳門機場所開展的重大工程項目，同時探討機場專營公司對於澳門機場的營運管理工作。
關於澳門機場行李處理系統的更新，審計報告指出原有的托運行李安檢程序，由於是進行安檢後才辦理登機手續，所以存在著可將爆炸品放入已檢查的行李之風險。針對此這項顯著的問題，機場專營公司希望透過行李處理系統更新工程，以四層分級的自動化爆炸品檢測系統解決有關的保安漏洞。然而，該系統在驗收後仍存在根本性問題：出現行李失去追蹤定位而需送到第四層安檢進行人工處理，影響處理行李的效率；第四層安檢時無法顯示失去追蹤及送到第四層安檢的高危行李之X光影像，使安檢人員處理這些可能存在爆炸品的行李時面對很大風險。因X光影像的缺陷令到為行李處理系統訂定的相應機場安保程序存在安全隱憂，不為民航局接受，無法正式投入運作。
面對如此嚴重的安保問題，機場專營公司相關管理層成員態度消極，甚至無視原設計規格對第四層安檢X光影像之要求，於2014年視系統已完全符合既定要求來處理，並將補救措施視作升級選項而擱在一邊，使投入7千多萬澳門元更換的新設備一直未能正式投入運作。直至特區政府於2018年6月指示要求改善機場保安後才成立工作小組跟進，並於接近9個月後批准有關升級方案。但升級方案根本無法完全解決系統的問題，風險依然存在。而截至2019年4月，有關問題一直未曾正式於執委會及董事會進行任何匯報及討論。
審計報告又探討了澳門國際機場臨時公務機庫的籌建工作，根據國際航空運輸協會機場發展參考手冊，機庫普遍用作維修活動，故一般城市機場通常不會興建機庫只作泊機。而按特區政府2011年的《澳門國際機場整體發展規劃》，在完成第一階段擴建後便可提供一個用作維修服務的永久公務機庫。機場專營公司管理層以構建澳門機場成為公務機維修中心為由，認為需及早興建機庫，在欠缺充分研究及探討投資回報的情況下，堅持投資2.4億澳門元，只為提早3年5個月建成一個預期只能使用9年（實際營運期只有8年半），而隨後需拆卸的臨時公務機庫。在實際營運上，按目前定價由營運至拆卸，臨時公務機庫面臨的虧損可達8千多萬至1.66億澳門元。
縱觀問題成因，首先是投資回報分析不被重視，在沒有於執委會及董事會會議上正式匯報及商討投資回報分析及營運模式的情況下，便通過立項。同時，雖然機場專營公司管理層在立項過程中曾在內部會議進行過簡單的內部投資回報分析，但有關分析卻存在重要缺陷，包括：未有按機庫功能定位及未來營運模式進行估算；高估收入及低估開支，並高估剩餘價值約6.8千萬澳門元；此外，亦未分析室外停機位租客轉為停泊於機庫內，導致出現此消彼長的自我競爭對收入的影響；分析中亦未有考慮將機庫土地用作其他用途的選項，例如改建為室外停機位等。再者，撇開估算的種種缺陷以至嚴重高估回報率的情況，即使假設估算真確，以內部回報率（Internal rate of return）計算的項目實際回報也僅得2.01%，對於興建及營運機庫需面對偌大的不確定性及風險，除非項目具備合比例的可觀回報，否則不應該建議作為理想投資。
另一方面，臨時公務機庫計劃提供維護、維修及大修服務（Maintenance, Repair and Overhaul，下稱“MRO”），以構建澳門機場成為公務機維修中心的定位，是經過執委會、董事會及特區政府透過不同場合及方式獲得認同而確立的。然而，在機庫因內在及外在因素無法交付而與已判給的MRO營運商解約後，機場專營公司管理層的做法不是積極尋找另外的MRO供應商，反而以停泊資源需求殷切及原方案難以管理等為由，將機庫改作純泊機之用。事實上，MRO服務定位較具合理性及更大經濟效益，且目前澳門機場於2016年改建的15個室外公務機停機位，以較機庫更為低廉的租金提供了充足的停機位予長期停泊者，但至2018年使用率仍不足75%，看不到任何欠缺公務機停機位的逼切性與供求缺口。而在欠缺維修服務的情況下，臨時公務機庫已無法發揮應有的效益。
强推的臨時公務機庫投資除很大機會虧本，將其改為純泊機的決定，亦導致失去較高的潛在收入，兩者均損害了股東利益。同時，機場專營公司已就MRO服務進行國際招標及判給，但尚未營運便已解約，解約後又突然不提供MRO服務。這對澳門機場於國際間的信譽，尤其在其一致性、可靠性、專業性等方面，有著長遠的負面影響。
審計署透過綜合評論指出，2019年公布的《粵港澳大灣區規劃綱要》明確指出在大灣區建設發展世界級機場群，且支持澳門機場改擴建及發展區域公務機業務。故此，澳門機場的發展及營運管理是否理想除影響澳門之外，更涉及整個大灣區規劃發展，具有區域性的影響。然而，綜合是次審計所反映的情況，機場專營公司的管理工作明顯存在不足，決策過程亦隨意粗疏。該公司宜嚴肅跟進是次審計發現的問題，認真關注内部控制制度中的重大漏洞或薄弱環節，查清源頭，深化改革，維護股東及公眾的利益。
報告較早前已呈送行政長官，公眾可於審計署網站(http://www.ca.gov.mo)下載報告全文，或於辦公時間到本署免費索閱。