“學校發展計劃”有其嚴謹的申請程序及監察機制，教青局每年透過不同方式，如信函及工作會議，向學校重申資助申請須注意的事項，以及強調資助必須專款專用等原則，同時透過定期訪校及會議，落實資助項目的執行和成效，學校亦須於完成資助項目後，向教青局提交報告、單據、人力資源簽收文件及實證等資料。教青局人員嚴格執行有關機制，檢視項目執行和款項運用的有效性及合法性，倘有未執行及未按規定內容執行的項目，學校必須按規定退回資助款項。
就司法警察局公布有前私立學校負責人涉嫌詐騙資助一事，教青局於有關資助項目執行的2014年至2017年期間，按既定資助監察機制，定期要求學校提交有關項目的年度報告及實證資料。教青局人員到訪學校時，學校時任負責人向教青局人員實地介紹工程項目的完成情況及教學項目的開展進度，多次聲稱所有資助項目均按規劃日程進行，學校亦有按規定日期提交文件，教青局經實地巡視，各項受資助的工程均已完成，惟發現學校未按資助章程的要求提交 實證、人力資源簽收文件 ，且部分 已提交的開支單據欠明細及不清晰 ，故多次透過電話、電郵、實地訪校及會議等方式，要求學校時任負責人具體報告資助運用情況，並須補充遞交證明文件。學校經多次補充，仍未能提交具體的實證文件及合理解釋。
按監察機制，學校須於2017年9月底提交有關計劃的完成報告，惟當年經天鴿風災，本局容許各校延至11月提交，由於該校更換校長，故一直與新任校長保持密切溝通，新任校長於2017年9月接任後，配合教青局要求跟進學年報告及所需實證資料，直至同年11月遞交報告限期仍無法找到和提交執行有關資助項目的實證，故向教青局通報。鑑於資助項目執行期間的學校時任負責人可能出現違法情況，教青局隨即提起調查程序，期間，學校及辦學實體亦積極配合調查，基於調查結果顯示有違法跡象，教青局於2018年初向司法警察局作出檢舉，而學校亦配合司法警察局的調查及搜證工作提供資料，辦學實體已向教青局全數退回未執行及未按規定內容執行項目的資助款項。
教青局重申，受資助的私立學校必須遵守與學校運作、各類津貼和資助有關的法規及指引。同時，教青局亦制定優化機制，並以嚴謹的工作指引，指導各學校妥善運用各項資助，如發現任何不符合規定的情況，必定絶不姑息，依法處理。