為配合衛生部門呼籲機構舉辦活動時需確實遵守各項防疫指引，教青局舉辦 “澳門學界五四青年節升旗儀式”期間實行了一系列防疫措施和工作，確保儀式能在安全的情況下進行。有關儀式於5月4日早上7時45分假澳門理工學院體育館舉行，所有出席儀式的人員須於進場時出示有效的核酸檢測陰性報告和接受體溫檢測，同時，教青局已限制參與人數至約700人，為活動場地可容納人數（2000多人）的三分之一。
而為減少人群聚集，參與活動的老師和學生，安排位於二層的觀眾席上，並隔位而座。除澳門學界升旗隊員、合唱團員和管樂隊員外，所有應邀出席的嘉賓、工作人員和師生均全程配戴口罩。教青局在未來舉辦活動會繼續遵守衛生部門各項防疫指引。