新型冠狀病毒感染應變協調中心表示，健康碼系統在昨（12）日約22:35出現故障並於23:20完成搶修，現已回復正常運作。經調查，此次故障主要是其中一台伺服器上服務出現異常，而自動備緩機制未能如常切換到正常的伺服器上，因此，需要透過手動方式切換。
另外，根據「預防新型冠狀病毒肺炎-場所在澳門健康碼系統故障時的應對方案」（https://www.ssm.gov.mo/docs/18531/18531_070df7a6fcdf4f31a324cda7e3b4d703_000.pdf）
當發生澳門健康碼系統故障時，出現廣大巿民無法即時生成澳門健康碼的情況，建議場所作出以下應對方案：
1、查看入場人士手機上已截圖的當天生成【澳門健康碼】，或
2、查看入場人士已預先列印的當天生成【澳門健康碼】紙本，或
3、當面逐一詢問入場人士在健康碼上的3題健康申報問題，倘入場人士在詢問下逐題否認，包括否認出現症狀，否認具有接觸史，並否認曾到訪中高風險地區，可視為具有【澳門健康碼】綠碼的情況。