澳門特別行政區成立後的這一個十年間，社會穩步發展，特區的國際地位亦得以提高。為配合特區急速發展所帶來的各種社會挑戰，澳門監獄致力優化監獄服務，並強化各項獄政管理工作，堅守保護市民生命財產最後一道防線的責任。 重組架構，各司其職
為進一步提升工作效率及持續優化服務，監獄於06年10月進行架構重組，設兩廳五處：兩廳分別為組織、資訊及資源管理廳和監務事務廳，其中組織、資訊及資源管理廳設有人力資源處、財政及財產處及組織及資訊處，而監務事務廳設有社會援助、教育及培訓處、保安及看守處；09年8月，增設公共關係及新聞處，優化及加強對外的溝通與服務。 理順獄警隊伍職程，排除不穩定因素
在06年，透過立法（第7/2006號法律），協助散位合同的獄警人員轉入編制內職位，並將獄警入職學歷由初中畢業提升至高中畢業；因應回歸前，獄警隊伍人員職程出現中層嚴重斷層，直接影響工作分配的情況，監獄先後於05年3月及09年2月，進行了兩次副警長晉升開考；09年1月，進行晉升警長開考。 電子化管理，提高效率及準確度
02年，引入囚犯管理、人事管理及財政管理等系統， 04年8月，監獄開始使用電子生物辨識系統，透過虹膜及指紋技術，更嚴謹、更精確地識別在囚人身份，以減低使用假證或假身份所引起的問題。 加强培訓，提高獄警人員素質
監獄於2000年成立培訓小組，專責獄警人員的入職及在職培訓，並於06年透過架構重組，成立人力資源處，統籌管理人員事務及培訓工作。回歸至今，已有超過11990人次參與監獄舉辦的培訓課程。 優化監禁設施及服務 回歸後，監獄更加關注在囚人的健康問題，並加強監獄預防傳染病傳入的工作。從01年起，增加為在囚人注射預防破傷風、乙型肝炎及流感等疫苗，並推行在囚人新入獄措施，安排每位新入獄的在囚人進行隔離及一系列的身體檢查；02年9月，於仁伯爵綜合醫院設立羈留病區，使有需要留院接受治療的在囚人得到更全面的照顧；02年9月，成立由監獄社工人員組成的緊急應變小組，以便於非辦時間內處理在囚人情緒、心理及家庭等方面的突發問題。 致力協助在囚人重返社會
回歸前，監獄已與教育暨青年局合作，為在囚人開辦小學回歸教育課程；在01年更增辦初中回歸教育課程。回歸至今，參與小學回歸教育課程的在囚人共1133人次。2001年至今，參與初中回歸教育課程的在囚人共377人次。高等教育課程方面，監獄鼓勵及協助在囚人報讀函授課程，2004年至2009年8月間，參與的在囚人共20人次，當中6人參與大學課程。監獄為在囚人開辦各類配合社會發展的職業訓練課程，04年至09年8月，平均每年有192人參與職業技能培訓；05年11月，港澳特區政府簽署「移交被判刑人的安排」協議，讓合資格的在囚人可選擇返回原居地服刑，有利他們日後重返社會。至09年8月，共有24名合資格的在囚人返回香港服刑；05年12月，監獄成功獲英國倫敦城市行業專業學會委任為美容及製衣兩種行業專業資格的考試中心，使在囚人可於獄中考取專業資格，至09年8月，共66名在囚人成功考取專業資格認可證書。 以民為本措施，達至更便民的目的
監獄於回歸後，安排專責人員收及處理市民的投訴，並於06年成立公共關係小組，進一步關注與加强監獄與社區的聯繫；09年成立公共關係及新聞處，作更有系統及更有策略地開展各項與市民相關的工作；03年12月，監獄推出兩個服務承諾項目，承諾於八個工作天內完成「申領探訪許可證」及「在獄證明書」之辦理。05年11月，增設「處理市民投訴之初步回覆」，承諾回覆時間為五個工作天，同時，於澳門半島南灣大馬路的中華廣場8樓A座設立澳門監獄服務諮詢中心，為市民提供諮詢、接收投訴、辦理探訪許可證及證明書、約見社工、接收市民信件及補充資料的服務。 加强工作透明度
回歸後，監獄不斷加强工作的透明度，主動發布監獄資訊，接待來訪團體，回答議員質詢及回覆市民的查詢等等。此外，更增設有監獄網站，方便市民可獲取監獄的最新資訊。 致力協助青少年預防犯罪的教育
03年，獄中的四位青年在囚人，把自己的真實故事編寫出來，在鮑思高青年服務網絡的協助下收錄成書「黃金屋」，並於04年拍成電影，教導青少年不要以身試法，不少學校還以此為教材。另安排青少年參觀監獄設施及與在囚人對話，讓他們了解犯罪後果，警惕守法。03年至09年8月，超過3500名青少年曾到訪監獄。 促進社區支持在囚人重返社會
為喚起廣大市民對在囚人之關注，監獄每年皆會舉辦在囚人手工藝品展銷會，藉此向市民展示在囚人的技能，從而宣傳支持在囚人士重建新生的訊息，增加廣大市民對監獄的瞭解。08年7月，監獄邀請傳媒到訪，與在囚人進行製作手工藝品之工作坊，同年舉辦「支持在囚人士重建新生標誌設計比賽」及09年的「支持在囚人士重建新生繪畫比賽」，藉此帶出支持在囚人重新投入社會的訊息。 加强內部溝通，提升工作效率
02年4月，監獄成立「工作改善小組」，加强與前線員工的溝通。小組成員由各部門的前線員工組成，定時進行會議，反映改善工作的意見，並直接交由領導層處理；08年11月，監獄組織了首次員工家屬來訪監獄活動，藉以加強員工家庭的溝通，進一步提升他們對獄警家人工作的支持。
