針對甲型H1N1流感疫苗安全性的疑問，衛生局強調，甲型H1N1流感疫苗採用和季節性流感疫苗完全相同的工藝流程制作，而每年有數千萬人接種季節性流感疫苗，具有極佳的安全性。在發現1976年美國使用的一種流感疫苗和格利-巴利綜合徵有較密切的關係後，科學家們對1977年以來使用的流感疫苗和格林-巴利綜合徵的關係作出大量的研究。大部分研究沒有發現兩者之間存在關係，只有2個研究發現接種者的格林-巴利綜合徵的發生率比一般人高出百萬分之1。一般人群格林-巴利綜合徵的年發生率為百萬分之10至30。
每天都有人發生各種各樣的疾病乃至死亡，當進行大規模接種時，不排除有些和接種完全無關的疾病乃至死亡會在接種後一段時間發生。根據美國疾病預防控制中心的資料，美國每年有4000至9000人罹患格林-巴利綜合徵，平均每周有140人。在目前每天接種數十萬人的情況下，很難排除有人會巧合地在接種後發生這種疾病。目前全世界已接種數千萬劑，完全排除有人會在接種發生各種疾病乃至死亡是不可能的，但這並不一定表示這些情況是由疫苗引起的。到目前為止，已有超20個國家開始了大規模的甲型H1N1流感疫苗的接種運動，並沒有發現有嚴重疾病或死亡有異常增加的情況出現。世界衛生組織和各國政府更有信心地認為，甲型H1N1流感疫苗和季節性流感疫苗有同樣良好的安全性。
鑑於感染甲型H1N1流感出現嚴重併發症的風險遠遠高於接種疫苗可能出現的併發症的風險，衛生局認為接種疫苗是防控甲型Ｈ１Ｎ１流感最好的方法。 國家衛生部對1000萬人接種的監測，發現嚴重過敏反應的發生率為百萬分之1.4，這和過往其他國家的研究結果相似。衛生局已加強了針對過敏反應的人員培訓和物質準備。
