5月13日上午，衛生局接獲國家衛生部有關山東省確診一甲型H1N1流感病例的通報。 5月13日下午，衛生局接到香港衛生署通報：一名自美國返港的年青男子，經證實確診為H1N1甲型流感個案。根據通報，該病患於5月11日乘坐航班由美國返港。香港衛生署表示現正追蹤該航班的旅客，但暫未通報航班上有澳門居民。 衛生局已向流感大流行預防應變統籌小組匯報了最新疫情。
統籌小組決定維持目前的流感大流行應對級別(第IV級)，並表示雖然本澳的防疫設施和藥物足夠，但巿民應繼續注意個人和環境衛生，並再次呼籲由墨西哥、美國和加拿大等地回澳的人士應留意自己的健康，有咳嗽、咽痛和發熱等不適時應戴上口罩，立即到仁伯爵綜合醫院或鏡湖醫院就醫。 據衛生局5月13日統計數字顯示，關閘醫療諮詢站共為十萬五千八百八十九名人士探熱，諮詢人數二名；港澳碼頭醫療諮詢站為一萬四千一百九十一人探熱，諮詢人數一名；澳門國際機場口岸醫療諮詢站為三千八百四十三人探熱，諮詢人數二名；蓮花口岸醫療諮詢站為二千一百八十九人探熱；北安臨時碼頭諮詢站為四千二百三十一人探熱。仁伯爵綜合醫院因呼吸道症狀就診的兒童有七十四名，成人有四十六名。 截至12日傍晚，本澳新型流感“極可能病例”和“確診病例”均為零，衛生局亦沒有調查中的病例和懷疑病例。
