長期以來，衛生局便十分重視加強與非牟利和私人醫療機構的合作，致力透過加強合作關係，繼續推行政府和非政府醫療系統並行發展的策略，為居民提供適切的醫療服務。目前，與衛生局成功建立合作關係的非牟利和私人醫療機構的範圍與項目是廣泛的，如鏡湖醫院、工人醫療所、街坊會診所、同善堂醫療所、歸僑總會診所等，及由各類私人診所和化驗所提供的醫療服務。 衛生局與科大醫院簽訂合作協議，開設衛生局仁伯爵綜合醫院離島急診站，於2011年2月8 日正式簽署生效。 協議標的為：衛生局與科大醫院同意合作，在科大醫院內設立仁伯爵綜合醫院的離島急診和住院康復服務。 合作範圍包括：在離島政府醫院設施落成啟用前，科大醫院同意向衛生局提供設施，讓仁伯爵綜合醫院在科大醫院內設立、管理和運作首階段的離島急診，以及次階段的康復住院服務；科大醫院向衛生局提供地方，醫療設備及設施以滿足急診的需要等。 在是次合作協議中，衛生局主要考慮了以下幾個有利條件： 首先，規劃中的離島醫療綜合體的選址，位於路氹連貫公路近石排灣水庫與東亞運體育館之間的地段，比較其他可供選擇的合作地點，科大醫院具有地理上的便利條件，可有效地在離島醫療綜合體未完成興建前，填補為廣大居民所需服務的空白。 其次，科大醫院周邊設施相對完善，院內各項醫療配套及既有設備，包括：相對完善的化驗室可提供24小時血液化驗、影像檢查如X光檢測、CT(電腦斷層掃描)及超聲波等，將有效給予急診站足夠的支援；一般情況下，現時的醫療設備約五年左右就更新換代，故五年過後，尤其是電子產品比較多的醫療設備，其換代更新的周期可能更短。 第三，為配合離島醫療綜合體的發展，結合現實條件與需要，租借並不局限於場地的使用，還包括上述各項必要的醫療配套和設備等，同樣地，租金也不限於場地的使用，還包括各項儀器、現套設施和設施折舊等等。 目前，急診部設於科大醫院地下層，佔地約7176平方呎，首階段設有：搶救室、創傷室、觀察病房各1間，其中觀察病房設有10張病床；4間半開方式診室；候診室、分流站、隔離候診區及診室各一間（處理發熱病及傳染病病人）；各類急救設備，包括呼吸機、心臟除顫器、生命體徵監測儀。第四層（三樓）為康復病房，設有90張病床。相關收費，衛生局將按照協議規定以實報實銷的方式予以收取並不設包底制度，收費水平基本與目前仁伯爵綜合醫院的水平相若；據現行法例，免費獲得醫療衛生服務的本澳居民可免費使用急診醫療服務（包括藥物）。其他市民或非本地居民，則另據法例規定收取費用。 協議涉及的租金，租用面積約為37,000平方呎，每月租金為91萬元，平圴呎價約為24.62元/平方呎；租用面積包括科大醫院的第一層（地面層）的E、G、M診室區及相應設施，以及第四層（三樓）全部空間。
