《橫琴粵澳深度合作區建設總體方案》提出健全粵澳共商共建共管共享的新體制，建立深合區管理委員會（以下簡稱“管委會”）、執行委員會（以下簡稱“執委會”），以及廣東省委和省政府派出機構，按照職責分工共同管理合作區和推進各項建設，實現澳門產業多元發展及提升澳門居民的生活素質。
深合區管委會及執委會均由廣東省和澳門特區派員組成，而執委會的主要負責人由澳門特區政府委派。
管委會實行雙主任制，由廣東省省長和澳門特區行政長官共同擔任，澳門特區委派一名常務副主任，而其他副主任則由粵澳雙方協商確定，成員還包括由廣東省有關部門、澳門特區政府有關部門及珠海市政府等單位派出的人員共同組成。管委會在粵港澳大灣區建設領導小組領導下，負責統籌決定深合區的重大規劃、重大政策、重大項目和重要人事任免。
管委會下設執委會，執委會主任由澳門特別行政區政府委派，副主任則由澳門特區政府、廣東省及珠海市政府委派。執委會是管委會下設的法定工作機構，依法履行國際推介、招商引資、產業導入、土地開發、專案建設、民生管理等職能。
廣東省委和省政府派出機構重點做好黨務建設、國家安全、刑事司法、社會治安等工作，履行好屬地管理職能，積極主動配合深合區管委會和執委會推進深合區開發建設。