橫琴粵澳深度合作區將為促進澳門經濟多元化及長遠發展注入新動力。為使澳門居民赴橫琴深合區學習、就業、創業、生活更加方便快捷，特區政府將不斷優化通關模式及措施，讓通關更加便利。
橫琴口岸是繼港珠澳大橋珠澳口岸後，又一個採用“合作查驗，一次放行”新型便捷通關模式的口岸，實行24小時通關。該口岸設計承載力為每天22萬出入境人次。現時橫琴口岸澳門口岸區旅檢大廳出、入境層各設置24條合作自助查驗通道和4條合作人工查驗通道。另外，出、入境層還分別設有7條和6條“台並台、肩並肩”的人工查驗通道。
為配合日後發展需要，該口岸的出、入境大廳已分別預留可增設19條和29條合作自助查驗通道的空間。預計明年底落成的客貨車查驗區域的隨車驗放廳，規劃設置出、入境各2條人工查驗通道和8條合作自助查驗通道。
自青茂口岸於本年9月8日啓用日起，橫琴口岸及港珠澳大橋口岸的合作自助查驗通道，亦同步擴展適用至符合條件的香港永久性居民。
現時，7歲或以上符合條件的內地居民及澳門居民，以及11歲或以上符合條件的香港居民，可使用合作自助查驗通道通關。通關時，僅需使用入境方證件作查驗，即港、澳居民前往內地時使用港澳居民來往內地通行證（俗稱回鄉證），返回澳門時，則分別使用香港永久性居民身份證及澳門的居民身份證；內地居民往返內地和澳門時均使用往來港澳通行證。通關人士只需排一次隊、讀一次證件、採集一次生物特徵，便可快速完成兩地的邊檢查驗，非常便捷。根據2021年1至8月數據，81%經橫琴口岸旅檢大廳通關人士是選用合作自助查驗通道查驗通關。
目前，合作自助查驗通道技術上已具條件擴展至台灣地區居民，珠澳邊檢部門將根據防疫情況，適時公佈擴展適用時間。未來，兩地會根據社會需求研究將該模式進一步擴展惠及其他人群，同時，也會在確保通關安全的基礎上，研究探索實施更便利更創新的通關模式的可行性，讓高效便捷通關的效益更廣更深。
橫琴口岸旅檢大廳及未來的隨車驗放廳的各項便利措施及發展規劃，將大大提高通關能力、提升通關效率、改善通關體驗，有利於吸引澳門居民到橫琴工作、投資和生活，促進兩地人員流動，助力兩地人員參與該深度合作區的建設及發展。