《橫琴粵澳深度合作區建設總體方案》提出，橫琴粵澳深度合作區實行“一線放開、二線管住”的分線管理政策，建立澳門與橫琴一體化高水平開放體系。未來粵澳兩地政府將根據新橫琴口岸通行能力及道路交通流量等情況，逐步推進全面放開澳門機動車便利入出橫琴。
開放澳門機動車入出橫琴是中央惠澳政策的重要體現，也是粵澳合作的重大成果。粵澳兩地政府早於2016年12月20日實施澳門機動車入出橫琴（即單牌車）政策，並按照“按部就班、逐步推進”的原則，配額由最初的400輛增加至現時的10,000輛，新增允許18歲或以上澳門居民申請機動車輛入出橫琴資格（首三個月配額指標為每月300個）。自2021年7月1日起，供18歲或以上澳門居民申請機動車輛入出橫琴配額指標由每月300個增至每月500個。只要符合條件的澳門機動車所有人，均可向澳珠兩地政府有關部門申請機動車入出橫琴資格。
截止2021年10月20日，已生效單牌車配額6,952輛，尚餘配額3,048輛。粵澳兩地政府會視乎單牌車配額的申請情況而研究加大配額，讓更多的澳門市民受惠。
為便利市民申請，澳門海關已於2019年3月推出網上服務，粵澳雙牌車、單牌車車主均可透過智能手機及電子平台，進行首次申請、續期及網上電子支付服務，省卻親臨海關辦理手續的時間。接下來，澳門海關將按照電子政務法的規定，推出電子版車輛邊境通行證以取代紙本車卡，並對接現有的網上申請服務，實現全程網上辦理及簽發車輛邊境通行證。
此外，粵澳兩地海關積極探索更高效便利的通關措施，將透過“風險預判、一次機檢；數據共享、合作驗放”的創新通關模式，提升口岸出入境車輛的通關效率。因此，預計2022年年底橫琴口岸二期工程完成後，出入境各有9條客車車道、6條貨車車道，合共30條車道，口岸每日最大通關車流量可達43,000架次。
粵澳兩地政府相關部門將持續研究政策成效，並以全面開放單牌車政策為長遠目標，將來不設配額，讓澳門居民自由進出琴澳兩地，推進琴澳融合發展，拓展澳門居民的居住空間、提升生活質素與舒適度，並為橫琴粵澳深度合作區工作、生活的澳門居民創造便利條件。