澳門新監獄在設計上特別引入中水回用系統，為本澳首個引入中水回用系統的公共工程，率先實現了中水回用的示範工程。政府期望引用環保建築措施，藉此能達至節約用水、充份利用水資源的目標，以配合特區政府致力推動構建節水型社會的目標。 有關中水回用系統，其運作是對新監獄每日產生的廢污水先進行分流。污水(如坐廁排出的)匯入城市污水管網，至於廢水(一般是指洗手和淋浴後的用水)則引到設在新監獄內的中水收集系統，然後再經中水處理站，透過廢水淨化系統進行淨化後再循環利用。而整個廢水淨化過程，先經過專門對污廢水生化處理的裝置---“曝氣池”，利用高濃度的“活性污泥混合曝氣”將中水裏的微生物、色味及懸污物等氧化分解、降解，再通過放置於其中的多個“薄膜過濾系統”，將當中的水分子通過毛細管的原理，經由薄膜系統的薄膜（納米技術）將水分子過濾收集，然後經沉澱池、消毒等程序後，達到回用的標準後再循環利用，實現廢水資源化。 經處理後的水會通過中水供水系統進行再利用，有關中水可用於沖廁、綠化灌溉、道路清潔等，既可節省水資源，又可使廢水無害化，起到保護環境、防止水污染、緩解水資源不足的重要作用。 近年，政府積極推動環保建築，故在公共工程已逐步引入環保建築概念，當中制訂了公共工程環保建築的工地施工指引；此外，為鼓勵建築界使用環保建材，以及採用環保建築設計，落實減排節能的施政方針，政府已逐步在公共工程的設計加強環保元素，並在招標案卷中訂明環保的要求，增加建築物綠化及節能設施。
