新型冠狀病毒感染應變協調中心表示，澳門健康碼手機應用程式推出後，澳門健康碼網頁版仍會開放予市民使用，其後會否一直保留則再視乎使用量和市民使用情況而定。手機應用程式的功能會較網頁版更多和更方便，市民可按個人習慣選擇使用。
協調中心強調，市民是否要記錄行程屬自願性質，由市民自行選擇，推出澳門健康碼手機應用程式之目的是協助市民紀錄行程和進行風險檢查。但不排除日後基於澳門疫情變化及防疫需要，而要求所有人士進入特定場所時均須作行程紀錄。
協調中心重申，推出應用程式的構思絕非要限制市民出行，而是協助市民紀錄行程和判斷風險，並及時向衛生部門報告風險和儘快求醫，共同抗擊疫情。