為了加強市售中藥材的管理，衛生局制訂了《澳門特區所用中藥材表》將澳門特區所用的主要中藥材分為：表I（毒性中藥材表），表II（普通中藥材表）及表III（食藥兼用中藥材表）三部份。當中規定表I及表II內的中藥材只可在獲衛生局發出准照之中藥房專門出售。 衛生局負責對中藥房的准照審核及簽發，並對其運作進行監察，衛生局的稽查員會不定期對中藥房進行稽查，內容包括：現場檢查中藥房的管理如藥物採購、儲存及供應活動等，檢查產品的來源和質量，抽取中藥材進行質量檢測並對質量有問題的進行回收。 為加強中藥範疇的法律制度的建設，衛生局正在研究現行十一月十四日第53/94/M號法令《關於從事中藥配製及貿易之場所訂定發出准照制度及運作條件的法律制度》的修訂方向。 在中藥的安全性及質量監管方面，衛生局除了通過稽查、抽檢、訊息收集和通報來確保中藥的安全性及質量外，亦已建立本地的藥物安全性和質量通報系統，透過本澳的中醫生、中醫師等衛生專業人士向衛生局通報所發現的中藥安全性及質量缺失資料。對於通過上述措施所收集到的中藥安全性和質量資訊，衛生局會儘快作出綜合評估、分析及按照有問題中藥的危害程度作出處理的決定，並以快捷的途徑，將可能對本澳巿民健康造成危害的重要中藥資訊通知醫療機構、業界、衛生專業人士以及向巿民公佈。
