就網上有言論指「澳門健康碼」手機應用程式內附使用條款中關於非個人資料處理，說明會自動記錄多項資料包括使用服務時所瀏覽的網頁等，新型冠狀病毒感染應變協調中心（下稱應變協調中心）表示，「澳門健康碼」手機應用程式內附有的使用條款，當中提及“本軟件所使用的程式會自動記錄使用服務時所瀏覽的網頁”，供使用者知悉。此類使用條款屬於同類軟件的通用聲明，原因是手機應用程式有部份功能是由網頁開發，需要記錄打開這些頁面時的狀況，包括是否成功打開、返回的時間等，以判斷程式在使用時會否出現問題。
應變協調中心強調，「澳門健康碼」手機應用程式使用者在使用服務時，被記錄的網頁資料均只屬衛生局的網頁，不會記錄其他應用程式瀏覽的網頁，不涉及個人資料的竊取或洩漏。
應變協調中心呼籲公眾儘快下載「澳門健康碼」手機應用程式，當出現疫情時便可準確回憶近期的行程，了解是否與核酸陽性者曾經有共同的行程而存在感染風險，以配合流行病學調查工作。