大流行甲型H1N1流感疫苗接種工作第二階段工作已在2010年2月28日告一段落。 截至2月28日，已有113,767人次接種了甲型H1N1流感，人口接種率約為20.7%。 其中包括33245名中小學生和幼稚園學生。中小學生的接種的接種覆蓋率平均超過43%。 衛生局估計，目前的防疫接種覆蓋率雖未能完成控制甲型H1N1流感在澳門的流行，但對降低流行的規模和影響有重要意義。 2009年4至5月期間，新的甲型H1N1流感病毒首先出現在墨西哥，迅速向世界各國擴散。世界衛生組織在2009年6月11日宣佈新的甲型H1N1流感病毒已造成世界性大流行後，衛生局立即著手甲型H1N1流感的疫苗採購工作，在2009年11月23日啟動甲型H1N1疫苗第一階段接種工作， 首階段的接種針對慢性病患者、幼童、老人、孕婦等高危人士，以及醫務人員等前線工作人員。 在2009年11月23日至12月31日期間共有56,108人次接種了甲型H1N1流感疫苗。 在順利完成第一階段接種後，衛生局隨即在2010年1月1日開始了第2階段的接種工作，將免費接種對象擴展到所有6個月以上的澳門居民和在澳門就讀的非居民，而在澳門生活、工作的非居民則可付費接種。 衛生局除在衛生中心、仁伯爵綜合醫院、鏡湖醫院以及工人醫療所提供接種外，亦派出外勤接種隊到政府機構、大型公司提供接種。 在第2階段接種開始初期，平均每個工作日接種人次有3000。但在鄰近地區和本澳接種後不良事件被渲染報導後，接種人次大幅降至每日不足1000。截至2月28日，累積共有 113,767 人次接種了甲型H1N1流感疫苗，包括4897名非本地居民。其中4730人是非本地僱員，其中167人是需支付300元費用的旅客，其餘人士則需支付50元費用。 衛生局十分重視該疫苗的安全性，要求醫療機構密切留意和報告接種後不良事件的情況。截至2月28日，衛生局共收到82例較嚴重的不良事件的報告，大多數為發熱、頭痛、皮疹等輕微反應，有7例為暈針(對注射的緊張反應)。一名78歲本身有高血壓、糖尿病、慢性等功能衰竭病人，在接種後2日因急性心力衰竭死亡。經專家小組研究分析，已排除由流感疫苗引起。 本澳使用的甲型H1N1疫苗是由歐盟藥監局批準上巿的。歐盟藥監局監測該疫苗在歐洲世界各地的使用情況，至今沒有發現嚴重的安全性問題。 歐盟藥監局對該疫苗的使用仍持正面態度。 根據流感病毒的特性，預計新的甲型H1N1流感病毒會持續流行數年乃至數十年，直至被另一種新的病毒取代。未感染或未接種疫苗的人士，仍有機會在將來受到感染。由於感染者有約千分之一的機會出現嚴重症狀，萬分之一機會出現死亡，衛生局仍建議未接種的人士盡快接種。 由3月1日起，衛生局衛生中心將停止在節假日提供接種，但將在各衛生中心、仁伯爵綜合醫院、鏡湖醫院以及工人醫療所於辦公時間内繼續提供接種，直至今年11月疫苗有效期屆滿為止。屇時預計將有新型的流感疫苗上巿。
