聖保祿學校的幼稚園部份位於望廈平民新邨的社屋大樓內，為了對望廈平民新邨重建，提供更多社會房屋以滿足社會的訴求，政府在2007年進行望廈社區的重整規劃以善用有關土地資源。因此，望廈平民新邨的所有社屋大樓將按序拆建，包括幼稚園所在的大樓。 為保障聖保祿學校的教學活動正常運作，房屋局早於2008年1月諮詢有關使用實體的調遷意願，包括聖保祿學校，並提出聖保祿幼稚園可安排在未來望廈社屋第一期的社會設施內之建議，但校方於2008年6月21日正式表示不接受有關建議。 隨後，聖保祿學校提出了兩個解決方案，一是要求政府批給鄰接現校址的一塊土地以增大其校園面積；二是要求在原址重建聖保祿學校以增加其學校使用空間。 去年1月，房屋局、土地工務運輸局及教青局，與校方舉行工作會議，由於政府無法提供校方要求的土地資源，故建議在望廈社屋第一期預留學校之社會設施，加建天橋連通原校，以保持學校之整體性及在望廈社屋第二期興建時預留更多學校需求之空間，但校方仍不接受，並要求政府財政資助其原址進行擴校工程。 考慮到公共房屋的興建進度以及尊重學校在充分考慮其自身運作需求的情況下，最後各方就聖保祿學校提出的第二方案達成共識。目前，幼稚園所在部份的大樓拆遷時間，將與望廈社屋的興建進度互相配合，有關調遷工作亦會按照實際情況而有序地開展。 政府在進行有關調遷工作安排前，會與相關使用實體（包括聖保祿學校）作協調和溝通，讓用家有充裕的時間準備搬遷事宜，令望廈社屋的興建工程對原望廈平民新邨用家搬遷之影響降至最少。
