新型冠狀病毒感染應變協調中心表示，澳門“健康碼”手機應用程式自啟用後，兩年多以來持續優化，從最初顯示核酸檢測結果的作用，之後陸續增加接種疫苗記錄、行程記錄，以至現在可顯示抗原檢測結果，務求持續提高市民使用的便利性，可在同一程式中看到多種資料。目前暫未有計劃再加入新的功能，但未來不排除因應防疫需要而增加其他功能。
另外，應變協調中心指出，澳門“健康碼”程式中沒有人臉識別的模組，為進一步確認，早前已要求程式開發者重新審視原碼中會否不慎存有人臉識別的模組，再經確認後是肯定沒有相關模組。值得注意的是，“健康碼”中的行程記錄會調用到手機中的開鎖功能，如輸入密碼、指模及人臉識別等，旨在保護個人資料不被他人查看，這是手機原有的識別功能，而非來自於“健康碼”程式。