審計署完成的《輕軌系統 ─ 第一階段》專項審計報告指出，運輸基建辦公室(下稱運建辦)沒有對輕軌系統第一期(下稱輕軌系統)作出整體投資預算，其於2009年對外宣稱的75億元，尚未包括涉及輕軌系統已判給的核心工程及服務共約2.6億的開支，以及周邊相關建設及配套等費用，由於欠缺輕軌系統完整的整體估算金額，不利監察日後的建設成本，容易導致開支不斷膨脹，增加開支失控的風險。
審計署發現由2008年至2010年6月涉及輕軌系統已判給約2.6億的31項工程及服務（包括核心工作的「項目管理及技術援助服務」、環評研究及地質勘探及研究等），以及專責籌建輕軌系統的運建辦的兩年（2008年及2009年）運作成本共3千多萬皆未包括在上述對外公佈的輕軌系統建設金額。
到目前為止，政府投入公帑包括已判給的「行車物料及系統」和估算的「主體土建」預計最少達86.88億，比上述75億增加11.88億，增加近百分之十六，審計署認為，上述情況正好反映如果沒有輕軌系統整體預算金額作為控制成本的上限，可能增加政府財政運作失衡的風險。
此外，輕軌系統總造價由2007年估算的42億元增加至2009年估算的75億元，增幅接近八成的五項原因，例如涉及"其他（西灣橋… …）原因"，運建辦未能解釋亦沒有資料說明有關金額增幅的明細組成及其實際內容，顯示運建辦在財務管理上沒有保存重要的預算數據，不利更好監察輕軌系統建造成本的變動，有損財務規劃管理工作的透明度。
審計署發現關於輕軌系統的"財務管理"問題還包括：
－ 運建辦在行政當局投資與發展開支計劃(PIDDA)所判給涉及輕軌系統的相關29個子項目的開支，其中近九成即27個的最初預算是零，須為此進行35次撥款轉移；對於PIDDA的開支，運建辦在開支獲判給後才進行預留撥款，不符合《公共財政管理制度》的規定；
－ 運建辦在三年內為城市整體運輸系統工程及設備共申請了近11.79億元預算，但只動用了205萬元(佔百分之0.17)，導致巨額公帑被閒置；
－ 輕軌系統第一期已判給的31個項目中，有近九成即27個項目涉及金額6千7百多萬元皆引用豁免書面諮詢條款，每次只向一間供應商直接磋商批給，令政府失去選取較佳方案、較短工期及較低成本的機會。
審計署在運建辦對輕軌系統"成本控制及質量監控"方面發現的問題則包括：
－ 用1.76億聘用「負責項目的管理及技術援助服務」的合營公司A，所提交的技術文件往往需多次修改，使運建辦承擔了改善技術文件質量之責任，耗費行政資源；運建辦在該合營公司A提交的「行車物料及系統」的招標文件後，才建議另聘一間顧問公司作評估，顯示運建辦未能預視其自身的技術能力，提前應變，該項招標被延誤了11個月；
－ 對外判服務的監管不足，對外判的合營公司A缺乏工作表現的要求及衡量指標；未訂定任何"應變計劃"以應對該合營公司A可能未能履行服務及整個建設延誤；沒有明確訂定成本控制的指引等。
最後，審計署建議：
－ 運建辦應基於充分及確切的依據，全面估算整個輕軌系統未來所需的資源，並向有權限實體匯報，以便作全面評估；
－ 確保輕軌整體支出不超出預算投資的上限，按節約原則建設輕軌；
－ 檢討及改善頻繁的預算調撥，設立有效監察預算執行的措施；
－ 嚴謹遵守法定的判給規定，以最適當的方式選擇最佳的供應商；
－ 加強對外判服務的監控力度，以及制定對合營公司A的評核機制；
－ 嚴格遵守招標的相關法規，公平對待所有投標者；
－ 預早擬定應急計劃，及早預視因本身技術能力不足可能面對的風險，依時完成輕軌第一期的興建。 《輕軌系統 ─ 第一階段》審計報告較早前已呈送行政長官，並送交立法會，現正式公佈，市民可在審計署網頁www.ca.gov.mo下載報告全文，或於明(二十五)日辦公時間前往新口岸皇朝廣場二十樓審計署免費索閱。
