環境保護局透過多方面對垃圾焚化中心之尾氣排放進行嚴格監察，包括透過遠程監察系統實時監察焚化中心的數據，以及派出專業人員與營運公司一起檢查尾氣分析儀的狀況。焚化爐的尾氣分析儀亦設有後備系統，保障監測數據不會間斷。另外，為提高焚化中心的透明度，環境保護局現正籌備在本局網頁公佈尾氣排放數據的計劃。 為保障環境質素和居民健康，環境保護局一直嚴格監管垃圾焚化中心之運作情況，並透過多方面對垃圾焚化中心之尾氣排放進行嚴格監察，主要包括透過連接本局環保基建管理中心之遠程監察系統，實時監察焚化中心的運作數據，如發現異常會即時作出處理。同時加強對廠房的巡查。除了上述的連續性監察尾氣排放系統外，本局亦委託獨立第三方實行每年至少三次對焚化中心的尾氣作採樣、化驗及分析等。 另外，本局人員亦會嚴格分析營運商所提交的營運報告。除了經常巡查新、舊廠，以確保廠房的運作正常，還會對廠房內各設備設施的運作及保養進行監督。並且本局具專業人員每週與營運公司舉行會議討論各項焚化中心的營運及保養之事宜，其中包括：焚化中心的運作、設施的保養、工作安全、環境衛生、排放指標等。此外，本局亦透過聘請具資歷的專業顧問公司對焚化中心的運作進行專業評估。 焚化爐的尾氣分析儀的作用是監測焚化爐尾氣的淨化效果，透過安裝於焚化爐的末端的儀器抽取經焚化爐淨化系統處理的氣體樣本並進行分析，從而紀錄焚化爐尾氣的排放情況，由於儀器需抽取焚化爐的尾氣作檢測，因此像其他國際上許多設有焚化中心的地區一樣，尾氣分析儀都是安裝在焚化中心廠房內。現時焚化中心新廠房一共設有四套尾氣分析儀，其中三台焚化爐各自都配備了一套尾氣分析儀，而另外一套的分析儀則作為備用，因此即使其中一台焚化爐的一套尾氣分析儀發生故障時，設備會自動轉至備用的分析儀繼續監測尾氣的排放，保障監測數據不會間斷。同時，局方會派出專業人員與營運公司一起檢查尾氣分析儀的狀況。 除了上述的監察外，本局亦已委託獨立第三方對固化飛灰及爐渣進行定期的採樣化驗，確保固化及焚化的質量。為提高焚化中心的透明度，環境保護局現正籌備在本局網頁公佈尾氣排放數據的計劃。 本局一直嚴格監管焚化中心營運公司的管理，以至焚化中心的運作情況，為嚴格監管營運公司的運作，本局在與營運公司簽訂的服務合同中，已訂明了各項嚴格的監管條文，當中包括清楚訂明了不可虛報訊息的條款，如有違規，本局絕不姑息，必會嚴厲懲處。 另一方面，為完善對澳門垃圾焚化中心的監管工作，本局將透過聘請具資歷的專業顧問公司對現時澳門的環保基建設施進行全面的專業評估，並將根據有關的評估結果，完善對環保基建設施的監管工作。由於焚化中心及飛灰堆填區與人居環境最為息息相關，故將會是首先評估的環保基建設施。
