有關《2021澳門廉政公署工作報告》行政申訴部分內指出涉及澳門海關的三個專案調查個案，海關高度重視及接納廉政公署的意見，並已依法作出處理。
就報告內提及有關關員未經許可開設私人公司事宜，海關已提起紀律程序，並已於2021年5月6日對該名關員處以撤職處分；有關秘書獲不合理補償事宜，已即時作出糾正，並已要求轄下各級人員在日常工作中必須正確運用及準確理解有關法律制度的規定；有關出入口電子表格的資訊事宜，海關已適時於2020年8月在網頁內上載及完善有關資訊。
澳門海關將持續強化內部管理機制，完善監督紀律管理，提醒全體人員必須遵紀守法，防範任何違法的情況再次發生，此外，亦加強內部人員對公共行政程序認知的培訓。對於關檢服務方面，海關保持與相關業界加強溝通合作，持續向公眾提供清關報關的最新業務資訊。