每年10月底至翌年4月初，為候鳥來澳越冬的高峰期。於2010年12月期間，在路氹城生態保護區觀察到黑臉琵鷺達53隻，總數較往年多。而環境保護局早前已完成對生態保護區擴大灘塗和水體的改善工程，亦透過跨部門合作對滋擾生態保護區的三無船活動進行了清理，有關措施旨在為生態保護區鳥類活動提供更好的環境。 澳門路氹城生態保護區地處珠江入海口西側，水生生物豐富，是多種候鳥的覓食及棲息地，在此棲息的鳥類超過120種，其中候鳥超過50種，包括很多受保護的鳥類，如黑臉琵鷺、岩鷺、綠鷺、小青腳鶩、白腹海鵰等。其中黑臉琵鷺僅分佈在東亞、東南亞的局部地區，在朝鮮半島及中國遼寧等地繁殖，並在台灣、中國南部及越南北部等地越冬。2009年鳥季全球有黑臉琵鷺2340多隻，其中香港記錄到460多隻，澳門42隻。澳門的黑臉琵鷺日間主要在生態一區淺灘和生態二區人工島休息，少部分時間在蓮花橋南泥灘覓食；夜間常飛往磨刀門入海口的海灘覓食。每天晨昏時黑臉琵鷺會在生態一區的淺灘上棲息。
2010年10月23日首次在路氹城生態保護區發現2隻黑臉琵鷺後，觀察到的數量一直在增加，並於11月24日發現有1隻白琵鷺混居在黑臉琵鷺的群體中。白琵鷺亦是瀕危的鷺鳥，個體較黑臉琵鷺稍大，在華南沿海甚少出現。而於2010年12月底期間發現53隻黑臉琵鷺在生態保護區棲息，數量較2009年多，可能與近年全球黑臉琵鷺總數上升有關。 關注到路氹城生態保護區近年發現有部分三無船在灘塗落網捕蟹，對鳥類的活動造成滋擾。環境保護局與海關、港務局磋商對策並取得共識。現時生態管理公司已沒收了三無船放置在生態保護區的漁具200多套，有效地遏止了三無船的活動，為候鳥創造更加良好的棲息環境。 同時，為了確保有足量的灘塗和淺水區供候鳥活動，環境保護局於2010年9月至11月初期間，於路氹城生態保護區進行了多項優化工作，包括在生態二區於蓮花橋以北的岸邊位置清理出一片灘塗、建造供水鳥棲息的鳥礁以及在生態一區進行水體擴闊工程。上述生態工程完成後，已觀察到在優化後的灘塗和鳥礁上已有水鳥棲息，初步觀測數據顯示相關設施附近出沒的水鳥數量較往年有所增加。 為了維持生態保護區正常的生態功能，環境保護局將持續監測生態保護區的生態、水質、環境數據，每週記錄鳥類種類及數量的變化，採取多種措施維持紅樹林面積的相關穩定及澳門生態系統的結構完整。
