新型冠狀病毒感染應變協調中心（下稱應變協調中心）表示，澳門自3月14日起已取消有香港旅居史人士在離境前往內地時須出示澳門健康碼的要求，故此，「澳門健康碼」系統將自3月27日起停用，但暫不下架，主頁設有「系統停用」文字提示，並保留常規（自費）核酸檢測預約連結、新冠病毒檢測結果申報及查詢平台連結（見附圖1）。
應變協調中心強調，在「澳門健康碼」系統停用後，會全面清除所有「澳門健康碼」個人資料、「澳門健康碼」申報紀錄、「澳門健康碼」應用程式註冊資料、居民曾上傳的行程紀錄、場所碼紀錄等數據。
另外，居民仍可透過下面連結申報快速抗原檢測結果或查詢核酸結果，也可直接在「澳門健康碼」主頁上點選連結進入（https://app.ssm.gov.mo/generalrat）（見附圖2）；此外，在平台內點選「查詢14天內最近一次的核酸記錄」輸入相關個人資料及驗證碼後即可查閱核酸結果（見附圖3）。而新冠疫苗資訊則仍可透過一戶通「我的健康」內的個人醫療記錄查閱。
