衛生局表示，轄下的藥物事務廳負責執行藥事法規，依法監督管理所有與西藥、中藥及傳統藥物有關的活動，包括藥物的生產、進口、分銷、供應及廣告宣傳等，從而確保市民獲得安全、有效以及具有質量保證的藥物。 在藥房監管方面，截至2011年12月31日止，本澳獲發准照藥房有145間，中藥房128間，衛生局分別根據第58/90/M號法令(管制在澳門從事藥物專業及藥物業活動)及第53/94/M號法令(管制中藥配製及貿易之場所訂定發出准照制度及運作條件)對本澳的藥房及中藥房作出監督管理。 為確保藥房依法經營，衛生局對所有藥房進行定期及突擊巡查，對藥房的管理、藥物保存、調配、病患的用藥指導及藥品廣告等作出整體的技術性評估，確保藥事法規得以嚴格遵守及貫徹執行。此外，在定期巡查中已增設非辦公時間（如晚間及週末）的稽查，強化打擊違規活動，並起警惕阻嚇作用。此外，在接獲投訴後或在有合理理由懷疑藥房有違規行為時亦會派員調查，並依法開立實況筆錄。倘調查屬實，衛生局依法對違規者作出懲處。在2010年，衛生局共對9間違規藥房作出處罰，而2011年則對7間藥房作出處罰，違規情況主要為藥房在沒有技術人員駐店下運作、錯誤調配藥物、調配過期藥物等。另外，2010年衛生局接獲涉及藥房的檢舉／投訴個案有12宗，2011年則有18宗，主要因藥品質量問題、不良經營手法及錯誤調配藥物等。另一方面，因應香港某藥廠生產工藝問題以及塑化劑事件等，衛生局於2010年回收了279批藥物，2011年回收了51批。該兩年間，衛生局向衛生專業人士分別發出了38及37則藥物安全資訊。 隨著近年社會迅速發展，市民提高了對藥劑服務的要求，現行藥物業活動法令法規於早期(最早於1990年)頒佈，當中存在未能滿足行業和社會發展需要的情況。因此，衛生局現正分階段對現行藥事法規作檢討和修訂，進一步加強對業界監管的力度。另一方面，衛生局亦持續優化部門內部質量管理工作，增加行政效率及透明度，強化廉政建設，逐步完善藥物監管工作的質量保證系統，持續提升服務質素，增加市民滿意度。
